Как задать фундамент лежащий выше пола подвала?

Я так понимаю у тебя ленточный фундамент? Задай высоту подвала такую-же как и высоту фундамента (которой ты задался). Просто в этом случае тебе нужно будет посчитать горизонтальную силу сдвигающую фундамент внутрь здания и приложить её к фундаменту.